El apellido de Bengoechea es de naturaleza toponímica, propio de familias originarias de determinadas regiones del País Vasco. Su significado deriva del euskera, asociándose con la expresión 'la parte superior de la casa' o 'cima de la casa', lo que refleja un vínculo con la localización de las viviendas ancestrales. El uso del prefijo 'de' señala una identificación con el solar o la localidad de procedencia, evidenciando la tendencia histórica vasca de apellidos ligados al lugar y a la familia. Esta forma toponímica se remonta a la Edad Media, donde era habitual emplear apellidos que reconocieran la pertenencia a un linaje o una residencia, reforzando la identidad y legado familiar.

Este apellido perdura en variantes patronímicas y toponímicas, especialmente en la región septentrional de la península ibérica. Su componente lingüístico euskérico permanece con fuerza, manifestando la integración de la lengua y la tradición en la conformación de los apellidos. Así, de Bengoechea evidencia la importancia del linaje vasco y la conexión histórica de las familias con el territorio. En la documentación histórica, aparece tanto como apellido único como acompañado del 'de', subrayando esa relación de origen.